Skyguide ist für den grössten Teil des Luftraums über der Schweiz verantwortlich, der den nationalen Aussengrenzen zu Land und zu Wasser entspricht. Der Zuständigkeitsbereich umschliesst ausserdem angrenzende Lufträume in Frankreich, Deutschland, Italien und Österreich. Über 40 % aller von uns kontrollierten Flüge entfallen auf diese angrenzenden Lufträume. Umgekehrt wird der Flugverkehr im Süden der Schweiz von der italienischen Flugsicherung kontrolliert und der Flughafen EuroAirport Basel-Mulhouse von unserem französischen Partner betreut. Diese zugewiesenen Zuständigkeitsbereiche haben praktische Gründe. Der kontinuierliche Anstieg des Verkehrsaufkommens hat zu einer verstärkten internationalen Zusammenarbeit beim Flugverkehrsmanagement geführt. Der von uns kontrollierte Luftraum entspricht voll und ganz der Philosophie des „Single European Sky“ und der damit zusammenhängenden Schaffung sogenannter funktionaler anstatt nationaler Luftraumblöcke.
Eine Fluginformationsregion (FIR) bezeichnet den Luftraum, in dem ein Flugsicherungsdienst Informations-, Such- und Rettungsdienste für die ihm bekannten Flüge anbietet. Skyguide ist zuständig für die FIR Schweiz. Diese Region entspricht nicht ganz den Landesgrenzen der Schweiz. Sie umfasst Teile von Süddeutschland und Liechtenstein, jedoch nicht den Süden des Tessins. Die FIR-Grenzen werden ausserdem von EUROCONTROL für die Berechnung der Flugsicherungsgebühren genutzt.
Es gibt mehrere Parameter zur Bestimmung der Komplexität eines Luftraums. Neben der hohen Verkehrsdichte erhöhen die horizontalen Kreuzungspunkte und vertikalen Flugprofile der kontrollierten Flüge die Anforderungen an diese Aufgabe. Weit mehr als ein Drittel aller von uns kontrollierten Flüge sind Steig- und Sinkflüge der Flughäfen rund um die Schweiz. Der Flugverkehr der Flughäfen in der Schweiz ist mit ähnlichen Herausforderungen verbunden. Insgesamt erfordern mehr als 70 % der von uns kontrollierten Flüge eine verstärkte Koordinierung. Damit ist die Schweizer Flugsicherung für die Überwachung des komplexesten Luftraumes in Europa zuständig.
Alle Flüge nach Instrumentenflugregeln (Instrument Flight Rules, IFR) werden von der Flugsicherung (ATC) kontrolliert. Ausserdem ist skyguide im kontrollierten Luftraum auch für die Leitung und Überwachung des Flugverkehrs nach Sichtflugregeln (Visual Flight Rules, VFR) zuständig und koordinieren den militärischen Flugverkehr im militärischen Luftraum.
